Alberdingk Thijm Scholen beschikt over een eigen trainingsruimte, de Dojo. De Dojo wordt gebruikt om leerlingen die moeite hebben met het reguleren van hun emoties of hun zelfbeeld te ondersteunen en te begeleiden. Het doel van de begeleiding is om leerlingen meer in hun kracht te zetten en meer in verbinding met zichzelf en hun omgeving te komen. De begeleiding bestaat uit een combinatie van gesprekken en psycho-fysieke oefeningen, waardoor leerlingen zich meer bewust van hun gedachten- en gedragspatronen en leren om in situaties op andere manieren te reageren. Tijdens sommige oefeningen zal aanraking plaatsvinden. Dit wordt vooraf aangegeven en overlegd, waarbij rekening wordt gehouden met de grenzen van de leerling.